0. パッケージの読み込み
本稿では、基本的にネットワークデータのハンドリングにはtidygraphパッケージを用いる。このパッケージを使うことで、データフレームとしてネットワークデータを扱うことができるので非常に便利である。ネットワークグラフの描画にはggraphパッケージを用いる。このパッケージでは、基本的にggplot2と同じ文法でネットワークグラフを描くことができる。
各指標の算出や統計分析には、主にasnipeパッケージ、ANTsパッケージ、igraphパッケージ、snaパッケージを用いる。
- tidygraph
- ggraph
- asnipe(Farine, 2013)
- ANTS(Sosa et al., 2020)
- igraph(Csardi et al., 2006)
- sna(Butts, 2008)
## ネットワーク分析関連
library(tidygraph)
library(ggraph)
library(asnipe)
library(sna)
library(ANTs)
library(igraph)
library(clValid)
library(assortnet)
library(hwig)
## データハンドリング
library(tidyverse)
library(easystats)
library(data.table)
## グラフや表関連
library(patchwork)
library(DT)
library(knitr)
library(kableExtra)
library(dagitty)
library(ggdag)
library(ggforce)
library(concaveman)
library(ggsci)
library(lemon)
## フォント関連
library(extrafont)
require(systemfonts)なお、本稿はRの基本操作とtidyverseパッケージによるデータハンドリングができることを前提としている。tidyverseパッケージを用いたデータ処理については、以下の書籍などを参照。
R for Data Science (Wickham & Grolemund, 2016)
電子書籍, 日本語R Graphics Coocbook 2nd Edition (Chang, 2018)
電子書籍, 日本語RユーザのためのRstudio[実践]入門~tidyverseによるモダンな分析フローの世界 改訂2版 (松村 et al., 2021) 出版社サイト
References
Butts, C. T. (2008). Social network analysis with sna. J. Stat. Softw., 24, 1–51.
Chang, W. (2018). R graphics cookbook: Practical recipes for visualizing data. “O’Reilly Media, Inc.”
Csardi, G., Nepusz, T., & Others. (2006). The igraph software package for complex network research. InterJournal, Complex Systems, 1695(5), 1–9.
Farine, D. R. (2013). Animal social network inference and permutations for ecologists inRusingasnipe. Methods Ecol. Evol., 4(12), 1187–1194.
Sosa, S., Puga-Gonzalez, I., Hu, F., Pansanel, J., Xie, X., & Sueur, C. (2020). A multilevel statistical toolkit to study animal social networks: The animal network toolkit software (ANTs) R package. Sci. Rep., 10(1), 12507.
Wickham, H., & Grolemund, G. (2016). R for data science: Import, tidy, transform, visualize, and model data. “O’Reilly Media, Inc.”
松村優哉., 湯谷啓明., 紀ノ定保礼., & 前田和. (2021). RユーザのためのRstudio[実践]入門 tidyverseによるモダンな分析フローの世界 改訂2版. 技術評論社.