0. パッケージの読み込み

分析のため、以下のパッケージを読み込みます。本稿では、基本的にGLMにはRにもともと実装されているglm()関数を、GLMMにはglmmTMBパッケージ(Brooks et al., 2017)を用います。

## データハンドリング
library(tidyverse)
library(easystats)
library(data.table)
## グラフや表関連
library(patchwork)
library(lemon)
library(DT)
library(knitr)
library(kableExtra)
library(dagitty)
library(ggdag)
library(ggforce)
library(concaveman)
library(ggsci)
## フォント関連
library(extrafont)
require(systemfonts)
## モデリング  
library(glmmTMB)
library(rethinking)
library(brms)
library(DHARMa)
library(DHARMa.helpers)
library(rstan)
rstan_options(auto_write = TRUE) 
options(mc.cores = parallel::detectCores()) 

References

Brooks, M. E., Kristensen, K., van Benthem, K. J., Magnusson, A., Berg, C. W., Nielsen, A., Skaug, H. J., Maechler, M., & Bolker, B. M. (2017). glmmTMB balances speed and flexibility among packages for zero-inflated generalized linear mixed modeling. The R Journal, 9(2), 378–400. https://doi.org/10.32614/RJ-2017-066